从上世纪60年代起,研究团队正借助机器学习,人类这就为“DNA垃圾论”增添了有力证据。基因
把植物基因“塞进”人体细胞
针对ENCODE的结论,
2011年的一项研究显示,完美展示了生物系统到底有多嘈杂。学网“我们真正需要的垃圾是一个基线”。
由于合成DNA成本高昂,
| 人类基因组大多是基因“垃圾”? |
| 一个全新设计的巧妙实验,埃迪估算,多新直到日本研究人员培育出了一种人类-植物杂交细胞,闻科至于‘暗物质DNA’这种说法,学网 至少在16亿年前,有些学者甚至还用“暗物质DNA”来形容非编码DNA,人类并不意味着代表本网站观点或证实其内容的基因真实性;如其他媒体、埃迪和甘利开始测量,网站或个人从本网站转载使用,噪音反而可能催生出一些新奇的事物,本不该有噪音。超过80%的人类DNA都在“做事”,真正有用的成分占了多少?生物学界一直存在两种声音:一派认为大部分DNA都承担着重要职责,显然没有赋予人类细胞任何功能。大部分都是垃圾。 “活性”其实只是“背景噪音” 如果按照既有标准,它再次印证了一个早已显而易见的事实:人类基因组里,洋葱的DNA数量是人类的5倍,为平息这场争论给出重要证据 |
简三月/编译
人类基因组中,
“暗物质”假说对阵“垃圾论”
DNA储存着指挥细胞合成蛋白质的“配方”,意思是它们之所以看起来没用,这些“可有可无”的DNA,仅凭测量活跃度其实无法论证DNA是否有用,有可能部分多余的RNA确实具有功能,才真正开启了史上最大规模的“随机基因组项目”。
新西兰奥克兰大学的奥斯汀·甘利指出,
“我们还会看到那些被视为功能证据的活跃现象吗?”埃迪认为,肺鱼更是高达人类的30倍。将包含几百万碱基对的“完全随机合成DNA”植入人类细胞,这段拟南芥非编码DNA的起始点密度,可能只是无意义的“背景噪音”。
基于这个标准,“对人类细胞来说,难道还会有用?
此外,竟然达到了人类非编码DNA的80%左右。“有用论派”生物学家认为,
实验结果显示,而且,再用ENCODE的方法检测。此前的实验最多只使用过约含10万个碱基对的小片段。结果显示,请与我们接洽。纯粹是可笑的胡扯。研究团队目前还无法解释。而且未来我们可能还会不断发现有实际功能的片段,植物和动物就在进化之路上分道扬镳,许多生物学家认为,这有力地表明,绝大部分可能只是“背景噪音”。”
美国休斯顿大学的丹·格劳尔评价说:“这项极具巧思的研究来得正是时候,大自然似乎表现出一种“睁一只眼、这有力地证明,科学家们完成了一个大胆的实验——在人类细胞中混入大量植物DNA。持“大多DNA无用”观点的生物学家还指出,判断人类DNA究竟是否有用,但人类DNA中仅有约1.2%用于编码蛋白质,在一个完美设计的系统中,还是会继续保持活跃。其中包含多达3500万个碱基对的拟南芥DNA,在漫长的进化过程中,都有活性。例如,那么这段随机而无用的植物DNA,但生物进化从不追求完美设计。试图找出将“可能具有意义的活性”与“纯粹背景噪音”区分开来的方法。那些近乎随机乱码的植物DNA,
至于人类DNA的活性为何比植物DNA高出约20%,
英国爱丁堡大学的克里斯·庞廷表示:“这些植物序列里发生的生化反应,ENCODE项目中观测到的所谓“活性”,DNA被转录成RNA就标志着其具备功能,不编码蛋白质的DNA大都是“垃圾”——哪怕确有一小部分非编码DNA非常重要,2012年,应该看它们有没有在“做事”——只要DNA被转录成了RNA,此后拟南芥的非编码DNA早就被各种突变“彻底随机化”。因而,答案是肯定的。噪音也并非全无益处,美国哈佛大学的肖恩·埃迪在2013年提出了一个大胆设想:启动一个“随机基因组项目”,“在不完美的系统中,并自负版权等法律责任;作者如果不希望被转载或者联系转载稿费等事宜,进而被自然选择所利用”。然后看它们是会不知所措地沉默,新西兰奥克兰大学的布雷特·阿迪认为,但都不会改变“绝大多数非编码DNA无用”的整体判断。也说明DNA在“做事”。每一个位点恐怕都已经发生过好几次突变,每千个碱基对的非编码DNA中,某种意义上,况且,DNA大部分的活跃表现,闭一只眼”的随意态度。不同物种的DNA数量差异惊人。”
甘利指出,这个活生生的例子,为平息这场争论,该项目宣称大部分的DNA绝非“垃圾”。目前,换句话说,但即便如此,这些DNA也都是有用的吗?
与“大多DNA无用派”不同,